植物檢疫證明書可由輸出人直接申請或委由處理業者代為申請，其申請步驟及應備文件，說明如下：
一.輸出人直接申請：
1.於檢疫處理完後次日，得提出申請。
2.填寫「輸出植物及其產品檢疫申請書」。
3.檢附「熱處理紀錄表」及「溫度紀錄表」。
4.檢附國外買方要求我戶出具植物檢疫證明書之文件(傳真或e-mail)。(輸往中國大陸不須檢附)

二.委由處理業者代為申請：
1.於檢疫處理完後次日，得提出申請。
2.檢附「動植物檢疫申報委託書」。
3.填寫「輸出植物及其產品檢疫申請書」。
4.檢附「熱處理紀錄表」及「溫度紀錄表」。
5.檢附國外買方要求我方出具植物檢疫證明書之文件(傳真或e-mail)。(輸往中國大陸不須檢附)